Undang-Undang Nomor 31 Tahun 2004 disusun karena meningkatnya kebutuhan akan pengaturan yang lebih komprehensif dalam pengelolaan sumber daya ikan di wilayah kedaulatan dan yurisdiksi Indonesia. UU Nomor 9 Tahun 1985 tentang Perikanan dianggap tidak lagi memadai untuk menghadapi perkembangan teknologi, kebutuhan hukum, serta komitmen internasional setelah Indonesia meratifikasi United Nations Convention on the Law of the Sea (UNCLOS) 1982. Selain itu, sektor perikanan memiliki peran strategis dalam perekonomian nasional, menciptakan lapangan kerja, meningkatkan kesejahteraan nelayan dan pembudi daya ikan kecil, serta menjamin kelestarian sumber daya perikanan secara berkelanjutan.