Saat Undang-Undang ini mulai berlaku, kapal asing yang masih melayani angkutan laut dalam negeri dapat tetap beroperasi maksimal tiga tahun. Administrator dan kantor pelabuhan melanjutkan tugasnya hingga terbentuknya lembaga baru sesuai UU ini. Semua jenis pelabuhan dan dermaga yang telah ada tetap dapat beroperasi, namun peran, fungsi, jenis, hierarki, dan statusnya wajib disesuaikan maksimal dua tahun sejak UU berlaku. Pemerintah, pemerintah daerah, dan Badan Usaha Milik Negara yang menyelenggarakan kegiatan pelabuhan tetap melaksanakan usahanya dan wajib menyesuaikan seluruh kegiatan sesuai UU ini maksimal tiga tahun. Perjanjian kerja sama yang sudah ada tetap berlaku dan dilaksanakan sesuai ketentuan UU baru. Penjagaan dan penegakan hukum di laut dan pantai tetap berjalan sampai Penjagaan Laut dan Pantai terbentuk. Beberapa ketentuan waktu pelaksanaan juga diatur: peraturan pemerintah dan pelaksanaan lain ditetapkan paling lambat satu tahun; otoritas pelabuhan, unit penyelenggara, dan syahbandar terbentuk paling lambat satu tahun; Rencana Induk Pelabuhan Nasional dan penetapan pelabuhan hub internasional dilakukan paling lambat dua tahun; serta Penjagaan Laut dan Pantai terbentuk paling lambat tiga tahun sejak UU berlaku. Sementara itu, semua peraturan pelaksanaan UU Nomor 21 Tahun 1992 tetap berlaku sepanjang tidak bertentangan dengan UU baru, dan UU Nomor 21 Tahun 1992 dicabut serta dinyatakan tidak berlaku setelah UU ini mulai berlaku.