Undang-Undang ini dibentuk untuk menggantikan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 1992 yang sudah tidak sesuai lagi dengan perkembangan ilmu pengetahuan, teknologi, dan dinamika perdagangan global. Meningkatnya lalu lintas hewan, ikan, tumbuhan, serta produk turunannya—baik antarwilayah di Indonesia maupun antarnegara—meningkatkan risiko masuk dan tersebarnya hama, penyakit, serta organisme pengganggu. Oleh karena itu, diperlukan pengaturan baru yang memperkuat sistem karantina nasional guna melindungi sumber daya alam hayati, kesehatan masyarakat, serta menjamin keamanan pangan dan keberlanjutan perdagangan internasional.